De novo transcriptome analysis of white teak (Gmelina arborea Roxb) wood reveals critical genes involved in xylem development and secondary metabolism.

BACKGROUND: Gmelina arborea Roxb is a fast-growing tree species of commercial importance for tropical countries due to multiple industrial uses of its wood. Wood is primarily composed of thick secondary cell walls of xylem cells which imparts the strength to the wood. Identification of the genes involved in the secondary cell wall biosynthesis as well as their cognate regulators is crucial to understand how the production of wood occurs and serves as a starting point for developing breeding strategies to produce varieties with improved wood quality, better paper pulping or new potential uses such as biofuel production. In order to gain knowledge on the molecular mechanisms and gene regulation related with wood development in white teak, a de novo sequencing and transcriptome assembly approach was used employing secondary cell wall synthesizing cells from young white teak trees. RESULTS: For generation of transcriptome, RNA-seq reads were assembled into 110,992 transcripts and 49,364 genes were functionally annotated using plant databases; 5071 GO terms and 25,460 SSR markers were identified within xylem transcripts and 10,256 unigenes were assigned to KEGG database in 130 pathways. Among transcription factor families, C2H2, C3H, bLHLH and MYB were the most represented in xylem. Differential gene expression analysis using leaves as a reference was carried out and a total of 20,954 differentially expressed genes were identified including monolignol biosynthetic pathway genes. The differential expression of selected genes (4CL, COMT, CCoAOMT, CCR and NST1) was validated using qPCR. CONCLUSIONS: We report the very first de novo transcriptome of xylem-related genes in this tropical timber species of commercial importance and constitutes a valuable extension of the publicly available transcriptomic resource aimed at fostering both basic and breeding studies.

REGENERACION Y SENSIBILIDAD A MANOSA EN ENTRENUDOS DE PAPA (Solanum tuberosum spp. andígena Var Diacol Capiro). / REGENERATION AND MANNOSE SENSIBILITY IN POTATO INTERNODAL EXPLANTS (Solanum tuberosum spp. andígena Var Diacol Capiro)

Se estableció un sistema de organogénesis indirecta para la obtención de brotes múltiples a partir de segmentos internodales de la variedad Diacol Capiro. La ubicación de explantes en medio Murashige y Skoog (MS) suplementado con 2 mg/l de zeatina ribosido (ZR), 0,02 mg/l de ácido naftalenácetico (ANA) y 0,02 mg/l de ácido giberélico (AG3), permite la obtención de plántulas entre la séptima y novena semana con una efectividad del 80-100%. Mediante ubicación de explantes previamente cocultivados con la cepa LBA4404 de Agrobacterium tumefaciens que contiene el plásmido recombinante pNOV022, se verificó la utilidad del medio para procesos de transformación, obteniéndose tasas hasta del 100% de regeneración. Finalmente, con el objetivo de determinar el uso potencial de la manosa como agente selectivo en procesos de transformación, se evaluó el efecto de diferentes concentraciones de manosa sobre la viabilidad y capacidad regenerativa de explantes.

A system of indirect organogenesis for the multiple buds production from internode stem sections in Diacol Capiro variety was established. Explants on Murashige & Skoog (MS) medium with zeatine riboside (ZR) 2 mg/l, naftalenacetic acid (NAA) 0.02 mg/l and giberelic acid (GA3) 0.02 mg/l, produced plants ranging between 7 to 9 weeks with 80-100% effectiveness. In the same medium, explants infected with Agrobacterium LBA4404 strain which carries recombinant plasmid pNOV022, produced regeneration rates reached 100%, thus, the medium utility for trnsformation processes was verified. Finally, to determine the potential use of the mannose as selective agent in transformation processes, the effect of different mannose concentrations on explant viability and regenerative capacity was evaluated.

Comparación de dos kits de RT-PCR en la detección de ARNm de dos genes endogenos de papa (Solanum tuberosum spp. Andigena) / Comparison of two kits of RT-PCR in RNAm Detection of two endegenous genes of potato (Solanum tuberosum spp. Andigena)

RT-PCR es una tecnica en la que usando ARN mensajero como molde, se obtiene complementario o cADN por transcripcion inversa, y luego se amplifica uno de los cADN por PCR, mediante el uso de primers especificos. Esta tecnica permite realizar estudios de expresion, a nivel de ARN mensajero. Con el proposito de implementar la tecnica en papa (Solanum tuberosum spp. Andigena), se utilizaron

Derechos de propiedad intelectual y agro-biotecnología: limitaciones y alternativas / Intellectual property rights and agro-biotechnology: limitations and alternatives

Los derechos de propiedad intelectual han adquirido un papel relevante como una forma de incentivar la innovación, extendiéndose a diferentes campos, entre ellos a la biotecnología. Patentes, derechos de obtentor, secretos industriales y acuerdos de transferencia de material, entre otros, representan figuras legales que individual o colectivamente protegen materiales o procesos necesarios para el desarrollo de productos agro-biotecnológicos. En muchos casos, la acumulación de estas figuras puede ser tan alta que pueden constituirse en limitantes para el desarrollo y la liberación comercial de un producto. Actualmente han surgido algunas iniciativas que pretenden facilitar el acceso a las tecnologías básicas para el desarrollo de productos agro-biotecnológicos, e incluyen: redes de cooperación entre entidades públicas, solicitud de licencias especiales para programas de carácter humanitario, y propuestas de acceso abierto. Estas alternativas pueden jugar un papel relevante en el corto y mediano plazo para el desarrollo de la investigación biotecnológica en países como Colombia.